Accelrys Pipline Pilot 7.01 實驗科學計算類比與資訊管理平臺 英文DVD版 --=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= 軟體名稱:AccelrysPiplinePilot7.01 語系版本:英文DVD版 光碟片數:單片裝(單面DVD) 破解說明:請參考\crack目錄下readme.txt說明安裝 系統支援:WindowsXP/Vista 軟體類型:實驗科學計算類比與資訊管理平臺 更新日期:2009.01.10 相關網址:http://accelrys.com/products/scitegic/ 中文網站:http://xyz2009.net 軟體簡介:(詳細見官方網址) --=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= 為實驗科學搭建計算類比與資訊管理平臺 *作為實驗科學家，您已經知道計算模擬工具會給您的工作帶來很多好處，可您卻 苦於無法抽出時間來去學那些複雜的使用方法和功能； *作為計算模擬的專家，您開發了很多的計算工具和應用方法，可是卻找不到好的 方式和方法讓實驗科學家把這些工具有效的利用起來； *作為一個實驗室或研究所的管理者，您是否在苦惱購置的計算類比工具和管理系 統得不到充分而有效的利用； *作為一個企業的研發負責人和管理人員，您是否在苦惱因為研發過程中產生的各 類資訊掌握不及時，而在決策過程中遇到各種各樣的困難； *現在有了PipelinePilot以後，您上面遇到的問題就能夠得到較好的解決。下面 有關PipelinePilot的詳細介紹，會讓您詳細的瞭解，PipelinePilot是如何解 決這些問題的。 資訊的處理和加工 對於從事藥物研發的企業來說，資訊的收集、管理以及有效的利用是至關重要的。 然而這方面的工作又十分繁瑣，而且很容易受到現有資訊系統架構的限制。Pipeli nePilot能夠自動管理和分析不斷衝擊藥物研發領域的海量資料，省去常規而繁瑣 的資料處理和分析工作。 化學資訊、生物學資訊的處理 化學元件:由80多個模組組成，實現了超過125種不同的功能，提供了一套廣泛的 分子屬性計算、過濾和操作工具。客戶利用這些工具能夠實現: -化合物資料庫的整理和標準化，以及相應的相似性搜索和子結構檢索 -組合化學庫的設計 -結構活性關係的建模，最大公共子結構的查找 -化學性質的計算，如分子量、AlogP或極性表面積等 -用擴展連通性指紋（ECFP）方法計算分子結構指紋 -基於各種化學屬性對分子結構進行分類和篩選，如Lipinski篩檢程式中的類藥五 原則等 該元件支援絕大多數的工業標準化學格式，包括來自MDL的SD,RG,RXN,以及來自 Daylight的SMILES,SMIRKS,SMARTS,TDT等各種表達化學結構的檔格式，並可實現 各種格式之間的轉化。 ADME/T組件:不僅能夠計算分子的各種ADMET性質，如水溶性、血腦屏障通透性、肝 毒性、腸吸收率和血漿蛋白結合率等，而且能夠預測已知藥物的代謝產物。 序列分析元件:包括一套完整的生物資訊學工具，對蛋白質和核酸的序列進行分析 和處理，支持序列搜索和序列比對，產生引物和擴增子，siRNA設計，發現限制性? 切位點，蛋白質序列注釋和特徵分析。 生物資訊挖掘元件:能夠對序列、基因、蛋白、表達、通道和疾病資訊進行整合。 作為對序列分析元件功能的擴展，生物資訊挖掘元件從內部和外部資料資源中獲取 資訊、提升客戶決策力。生物資訊挖掘元件可以訪問的外部資源包括GeneBank,Uni Gene,EntrezGene,Prosite,KEGG,UniProt,Pfam,GeneOntology和HomoloGen e. 資料分析和統計建模 建模組件:包括一系列用於學習和建模的工具、統計性的篩檢程式、以及進行分類 的工具。利用這些工具，不僅可以表徵和挖掘資料，還能構建有預測能力的模型。 實現快速的資料聚類分析、自動的分類學習能力、主成分分析等，還可以結合化學 元件使用，以實現構效關係活性模型的建立、化合物聚類和最大公共子結構的發現。 R統計學組件:能夠對資料進行深入細緻的分析，創建資訊豐富的圖表，並提供有充 分根據的結論。利用公共領域的R套裝程式，把統計學方法應用到資料操作、分類、 學習建模和資料分析當中。使用R統計學元件能夠: -對若干的資料系列進行Anova分析（方差分析）以揭示它們之間的相關性 -用神經網路技術為HTS（高通量篩選）活性資料建立模型 -應用眾多的聚類分析方法對活性化合物進行分類 -利用線形回歸方法找出實驗資料的相關性 決策樹組件:包括用於回歸分割模型的構建、驗證和應用的各種工具。這些工具可 以利用連續描述符或二進位描述符（例如:分子結構指紋描述符）進行工作。客戶 利用這些工具可以: -採用大量的描述符對海量資料進行建模 -瞭解每一個描述符對模型精確性（如對活性的預測）的重要程度 -利用具有預測能力的模型對化合物庫或虛擬庫進行篩選 圖像資料的處理 圖像處理元件:應用PipelinePilot工作流程自動化功能和視覺程式處理圖像任務。 這種直觀的、基於Web的企業用戶可以訪問的軟體平臺提供成熟的工具，能夠提高、 處理、分析、測量和報告圖像資料。圖像處理元件能夠將數位的、化學的、圖形的 和文本的資料整合在一個計算平臺上。 PipelinePilot圖像處理元件具有如下優點: -成熟的圖像處理工具和自動工作流程用於分割圖像，識別、標記和注釋物件；測 量跨多通道圖像的數值性質和統計性質；圖像圖元改變 -適合任意的標準圖像格式 -允許處理圖像和非圖像資料 -PipelinePilot服務體系提供無與倫比的可測量性，配置選項和質量控制 -高度形象和直觀的互動式結構使圖像處理易於進行 文本資訊的處理 文本資料分析元件:PipelinePilot中具自動化和資料整合功能的文獻檢索和文本 資料挖掘工具。通過整合文獻檢索和文獻描述到用戶自己的科研流程中，完成最有 挑戰性的文本資料挖掘目的。文本資料分析元件能夠實現: -外部文獻或內部檔檢索，或整合應用第三方檢索引擎 -使用含短語，通配符和同義詞匹配的單查詢語言 -從檔和網路文獻中提取關鍵概念或發現相關性 -使用來自網上文獻的注釋和相關性提高化學或生物資訊學日常事務效率 -發現用戶相關領域的發展趨勢和新關係 資料處理結果的報告 資料的報告 報告組件:利用此元件可以為客戶定制資料分析和資料挖掘協定的總結報告。報告 中可以顯示多個表格、曲線圖和圖像，從多個角度對資料進行觀察。用報告元件生 成的報告格式可以個性化定義，用客戶認為最好的方式來顯示資料和分析結果，便 於闡述和存檔。 利用資料報告元件能夠實現: -對來源完全不同的幾組資料集進行總結 -應用標準範本生成包含所有結論的形式統一的報告 -採用更直觀的方式來展示分析結果 -通過網路發佈報告協定來簡化常用的資料庫查詢 資源的整合和共用 *資源整合和共用能夠最大限度、有效地利用現有資源，避免資源重置和浪費，降低 成本，提升制藥企業的創新能力和競爭力。 *您想使您分散的計算資源整合成一個聯合的整體嗎？您想使您複雜的研究路線變成 一個全自動的流程化的協定嗎？您希望以簡單的方式將您開發的和擁有的計算資源分 享嗎？您希望非專業用戶也能方便的使用您共用的計算資源嗎？PipelinePilot可以 幫您實現這一切。 *PipelinePilot提供上了百個可以實現計算、篩選等各種操作的可配置元件，使資 料處理協定（流程）很容易構建。利用PipelinePilot圖形化的操作介面，客戶能夠 靈活調用組件，輕鬆地將運行在不同平臺上的第三方應用程式（如分子對接和分子動 力學程式）集成到協定中。 *協議建立後，可以發佈給企業內部成員使用，每個成員只需通過簡單的網頁介面， 便可在任何地方調用這些協定來處理自己的資料。還可以降低提供給特定客戶的協定 的複雜性，僅僅列出特定客戶能夠理解和使用的選項，利於特定客戶更輕鬆地使用， 從而促進計算研究工作中的合作，並把已有的研究成果擴展到更廣泛的潛在用戶中去 計算資源的整合 集成組件:PipelinePilot的一個重要的功能是它能和現有的計算資源集成在一起。 集成元件提供了強大的集成功能，能夠把外部的應用程式和資料庫無縫連接到Pipeli nePilot任何資料處理協定中。在PipelinePilot協議中，能夠完成: -在企業內部資料庫中檢索資料或存儲檢索結果 -有效的利用第三方應用程式進行計算 -利用標準的腳本環境進行快速的功能拓展 -啟動最喜愛的視窗應用程式來流覽處理過的資料 客戶可以自定義集成元件並進行發佈，可以授權給其他用戶共用。終端客戶可以象使 用系統中的其他元件一樣，方便地使用這些自定義元件，不用考慮這些外部程式放置 在什麼地方，或者這些集成過程是如何完成的。 SDK系列工具包:對於藥物研發企業，SDKs（softwaredevelopmentkits）用於將Pi pelinePilot直觀而有用的科研能力和資料處理能力傳送給終端用戶。為了實現從私 有的或第三方應用程式對PipelinePilot流程運行的完全控制，SciTegic提供三種不 同的SDKs。PipelinePilot通過SDKs配置高度定制的用戶端介面使其強大的自動化的 和有效的資料處理流程被更多的用戶使用。這種零空間佔用的Web介面能被用戶定制 以滿足不同需要的。使用用戶端SDKs能夠實現: -為更多的用戶配置強大的科研工具 -構建特定的終端介面，減少支援和培訓成本 -將PipelinePilot伺服器作為中間層整合到企業應用程式體系的支援件中 -使用標準語言構建用戶端應用程式，降低配置成本 與藥物設計軟體DiscoveryStudio的聯合使用 DSCatalyst系列元件:能夠完成與藥效團模型相關的一系列新藥發現研究，包括化 合物資料庫的生成與管理，化合物多構象模型的生成，基於活性分子建立藥效團模型 （包括3D-QSAR藥效團模型和共有特徵藥效團模型），基於受體結構建立藥效團模型， 藥效團模型的優化，基於藥效團模型的資料庫搜索和基於分子形狀的資料庫搜索等。 DSTOPKAT組件:化合物毒理性質預測工具。通過化合物的二維結構資訊構建高質量 的QSTR（定量結構-毒性關係）模型，並對各類有機化合物的諸如急性毒性、慢性毒 性、誘變性、再生性等性質進行預測，大大節省實驗的投入和時間。包括專利技術— —“最佳預測空間”評估驗證技術（OPS–OptimumPredictionSpace）以及高效 的批次處理預測能力，可對大批量的有機化合物的毒理性質進行快速而準確的預測， 滿足各類企業和研究機構對化合物進行毒理研究的需求。 DSCHARMm組件:DSCHARMm能夠用於研究多種分子（從小分子配體到多組分的生理複 合物）的熱力學及動力學特性，如核酸、蛋白質、配體、蛋白質和配體複合物的分子 動力學模擬及分析等。哈佛大學開發的這個工業標準的分子力學及動力學程式，不斷 升級並增加最新的功能。在PipelinePilot中，基於CHARMm的對接演算法CDOCKER用 於柔性分子對接。準確的MM-GBSA和MM-PBSAscore計算受體-配體結合自由能。除了 領先的動力學類比引擎外，DSCHARMm還包含合適的力場和溶劑化模型及PME靜電模型 。用戶可以使用DSCHARMm元件定制複雜的類比流程，也可以將該流程與其他計算應 用軟體整合在一起使用。 資源的共用 三種用戶端模式:PipelinePilot包括幾種不同的用戶端使用介面，客戶可以根據特 定需要選擇性的使用。 -網頁用戶端:大量的潛在用戶可以通過簡單的網頁流覽器介面使用PipelinePilot 的功能。他們可流覽其他用戶已發佈的協定，按照意願設置協定的參數，並運行這些 協定來處理資料。標準用戶端用戶和Lite用戶端用戶所運行的協定都可以提供給網頁 用戶端用戶運行。 -Lite用戶端:Lite用戶端除了運行現有協定這一基本功能以外，還有很多的擴展功 能。圖形化的操作介面可以幫助用戶瞭解每個協定的資料處理邏輯，並監測它的進程。更為重要的是，除了有關集成和腳本編程的元件（為標準用戶端用戶保留）以外，Lite用戶端用戶可以使用伺服器上的任何元件來建立自己的協定。 -標準用戶端:標準用戶端用戶擁有對PipelinePilot所有功能的完全控制。只有他 們才可以發佈開發出來的協議給其他用戶使用。他們還能通過創建和修改元件將Pipe linePilot個性化。另外，他們可以通過集成元件和腳本編程元件實現對外部程式的 控制。因此，標準用戶端用戶能夠無限地擴展PipelinePilot的功能，甚至可以從命 令行介面來操作PipelinePilot，以實現協議的批次處理。PipelinePilot至少需要 一個標準用戶端，提供諸如協定發佈和伺服器管理等必要功能。 基於Windows系統和個人電腦、面向生命科學領域的新一代分子建模和類比軟體Disco veryStudio基於PipelinePilot。使用標準用戶端編輯的協定可以在DiscoveryStu dio中使用，另外用戶也可以根據自己工作的需要將DiscoveryStudio中的部分功能 流程在PipelinePilot中進行編輯組合。 多用戶網頁共用模式:通過網頁流覽器，大量潛在用戶可以直接應用PipelinePilot 進行資料處理和分析。利用PipelinePilot的網頁服務套裝程式，只需指定將要提供 給其他用戶使用的協定，任何局域網內部的用戶都可以使用發佈的協定來處理自己的 資料，以實現: -通過網頁傳輸易於使用的資料處理方法 -讓更多實驗科學家參與到資訊學當中 -共用計算方法的應用 網頁流覽介面是為大型團隊特製的操作介面,為團體的所有成員提供了一種簡單的方 式來運行現有的PipelinePilot協議。當PipelinePilot標準用戶端用戶開發了一個 新的重要協定時，能通過網路將協定共用給整個團體的其他用戶。網頁服務套裝程式 能夠促進計算和實驗研究工作中的合作，並把已有的研究成果擴展到更廣泛的潛在用 戶中去。 -整合和擴展:PipelinePilot伺服器安裝完成後，網頁服務套裝程式中提供的網頁 用戶端就立刻可以使用，用戶只需在流覽器中指定正確的URL位址就可以運行Pipelin ePilot協議。 企業級的資訊管理平臺 在從事藥物研發的企業裏，每時每刻都有大量的資訊在各個部門之間等待傳輸和分析 。如何對這些資訊進行快速而有效的管理，尤其是不同部門的管理和實驗人員能否進 行即時資料交換，已成為企業首要面對的問題。 PipelinePilot能夠方便地建立不同的協議來實現不同部門人員的登錄，並通過對資 料庫的即時存儲、管理和查詢，實現對工業規模的海量資訊資源最有效的利用，從而 大大提高企業的整體工作效率。 研發專案的跟蹤管理 PipelinePilot能夠方便地訪問企業內部或外來的各種類型的資料庫和檔，因此可以 從各個不同的資訊源自動提取研發專案的相關資訊，並自動生成圖文並茂、資訊豐富 的報告，由此實現對研發專案的跟蹤管理。 1，專案的建立:醫藥、化工企業的專案一般都是以化合物為主體。PipelinePilot 平臺上的專案管理首先從化合物的登錄開始，建立以一個或多個化合物為主體的專案，並對專案相關的資訊進行管理，如專案的合作夥伴，專案的進度要求等。 2，專案的評估:通過查詢相關的資料庫或資源，得到對專案的難度的大概評估，以 及初步的解決方案。這些資訊都可以通過PipelinePilot進行管理。而對於專案中所 需的化學試劑，PipelinePilot可以訪問化學試劑的庫存資料庫和採購資訊資料庫， 自動生成預算報告，幫助對專案進行成本核算。 3，專案的分配:當專案分配到專案組以後，PipelinePilot可以根據專案評估的結 果自動生成項目實施方案，包括合成路線的設計，專案的進度安排，試劑採購安排等。 4，專案進度追蹤:專案組通過PipelinePilot將每天的工作內容和所得的研發資料 上傳企業中心資料庫，而PipelinePilot可以根據這些研發資料自動生成專案週期報 告，讓專案主管可以隨時瞭解專案的進度及相關情況。 企業樣品的集中管理 每個項目完成後，得到的化合物樣品將自動登錄企業樣品庫進行管理。通過查詢企業 樣品庫，可以隨時瞭解企業曾經研發過哪些化合物。由此方便對新項目的調研，也方 便和客戶進行直接的溝通。另外通過查詢企業樣品庫，也可以隨時瞭解樣品的庫存歷 史和現狀，對樣品進行跟蹤管理。 化學試劑的集中管理 如果企業中心資料庫中包括了化學試劑的庫存和採購資料庫，PipelinePilot能夠在 此基礎上對試劑的採購、庫存查詢、申領、配送、貴重/危險試劑跟蹤等各個流程進 行支援。由此可以縮短試劑採購、配送週期，讓實驗人員更早開始進行實驗；減少試 劑浪費，提高試劑庫存的安全性。 企業研發資料的集中管理 對於項目跟蹤而言，最難以實現的就是了解項目在實驗室中的進展。而通過Pipeline Pilot，合成化學家可以將每天實驗報告中的研發資料和資訊上傳到企業中心資料庫 。然後專案主管可以隨時通過PipelinePilot提取專案報告，瞭解專案最新進展情況 。由此也可以加強企業內部的資訊溝通和共用。 當合成化學家需要基於反應方法設計組合化學庫時，只需用簡單的繪圖工具定義化學 反應，再提交反應物資料庫，剩下生成組合庫的工作就完全交給PipelinePilot已設 計好的工作流程 PipelinePilot全球用戶 PipelinePilot被廣泛應用於醫藥、生物技術、化學和化工等工業及教育研究部門， 在上述領域中具有較大影響的眾多跨國公司及著名研究機構將PipelinePilot用於日 常企業管理和新藥研發中。 --=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=